临床症状是结肠炎的诊断的重要参考依据，医生还会结合便常规及粪便病原学检查、腹部X光、超声和CT检查、病理检查等结果做出明确诊断。
结肠镜检查及结肠黏膜组织活检可直接观察到结肠内黏膜的炎性改变、溃疡及出血，并对结肠黏膜组织进行标本采集，是诊断结肠炎的关键。粪便病原学检查可判断是否有细菌等生物感染，明确病原体，是诊断感染性结肠炎的主要手段。
结肠炎的种类较多，一般根据病因的不同可分为以下两个大类：
1、特异性炎性病变：指感染性结肠炎、缺血性结肠炎和伪膜性结肠炎、放射性结肠炎、化学性结肠炎等。
2、非特异性炎性病变：又称炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎及结肠克罗恩（Crohn）病。
溃疡性结肠炎和糜烂性结肠炎，可通过便常规、血常规、肠镜的检测来进行区分。如果病人肠道有致病病原体的感染，导致肠道黏膜充血、水肿、糜烂，属于糜烂性结肠炎。如果没有致病病原体的感染、病因不明，而且肠道黏膜受损严重甚至消失，导致黏膜下组织出现溃疡，而且溃疡面呈弥漫性、界限不清晰。
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克罗恩病与溃疡性结肠炎区别有以下这些内容：一般溃疡性结肠好发于左半结肠，也就是左边的结肠，所以如果病人跟医生描述是经常左边不舒服，就是溃疡性这个好发部位会多一些。克罗恩病好发部位一般是好发于右半结肠，也就是好发于回盲部、盲肠、小肠这一部分。但是因为现在很多疾病的分类，还有发病部位都不是非常典型，所以这只是教科书上的定义。另外，溃疡性结肠炎一些典型的表现，有脓血便、里急后重、肛门坠胀感，这种是溃疡性结肠累及直肠的改变。克罗恩病一般伴有瘘管、狭窄或者梗阻，出现一系列腹痛的症状，所以两者是有一定的区别。肠镜下还有些典型的表现，溃疡性结肠炎会出现地图上的改变。克罗恩病会出现溃疡，也需要取活检来明确。所以，综合目前对这两个疾病，分界不是非常明显，需要医生综合各项检查来评估。
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