一般治疗：保持患处的清洁干燥，避免其他细菌或者病菌的感染；注意穿宽松、舒适、透气的衣物，以免对病变部位造成摩擦；同时注意饮食均衡，适当进食富含蛋白质的食物，以补充营养；注意休息。
物理治疗：包括冷冻疗法、电外科手术、β-射线治疗、微波治疗、电灼热治疗等，具体应在医生的指导下选择合适的方式进行治疗。
激光治疗：电动力治疗即在疣体局部外敷光敏剂进行治疗，对疣体和亚临床HPV感染有一定的治疗作用。
药物治疗：可局部外用药物进行治疗，常见的药物有像咪喹莫特乳膏、重组人干扰素α2b软膏，可增强局部免疫力，能够起到抑制尖锐湿疣的复发和减少病毒的作用，还有细胞毒素、细胞分裂抑制剂如鬼臼毒素软膏、鬼臼毒素酊等，同时还可在皮损内注射西多福韦、干扰素。
手术治疗：对于大于1CM的外生性肛门生殖器性疣可采用外科手术治疗。
初期尖锐湿疣的治疗时间是八个月到一年左右。尖锐湿疣是性传播的疾病，患者的自身免疫力不同，治疗效果也会不同。如果患者自身抵抗力低、病毒强，而且病毒数量多，尖锐湿疣治疗的时间会长。反之，治疗所需时间会缩短。治疗尖锐湿疣无特效药，可采用激光和药物进行综合治疗。尖锐湿疣会发生在抵抗力差的人群中，所以增强自身抵抗力也可以预防疾病的发生。患者要注意，只有彻底的清除体内病毒，才可以达到治愈，一定要尽早去医院对症治疗。
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尖锐湿疣复发并不可怕，复发后再治疗也还是有效的。尖锐湿疣复发是很常见，不管采取哪一种治疗方法，都有可能复发。临床上常用的治疗方法有：二氧化碳激光治疗、电灼治疗或冷冻治疗等，小疣体可以选择咪喹莫特或斑蝥素乳膏外涂。最重要的是做好定期随诊，及早发现复发小疣体，尽早处理，避免继续传染到其他部位。二氧化碳激光治疗同时可以配合光动力治疗，去除亚临床感染病灶，可以减少复发机会。
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