遗传因素
具有一定的家族聚集性；
免疫与炎症因素
免疫调节的异常导致不能有效清除异位内膜，局部炎症可能促进内异症的病情进展；
其他因素
子宫内膜的生物学特性、局部微环境等。
患有子宫内膜异位症，可能是子宫内膜脱落后没有及时排出体外，反而沿输卵管上流引起的。此外也有可能是遗传引起的。如果家族中有子宫内膜异位症的患者，那么患有子宫内膜异位症的概率会增加。患有子宫内膜异位症，会出现性交疼痛、腹部疼痛的症状，也会出现月经增多、经期延长等不良的反应。
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子宫内膜异位症主要是子宫内膜异位到子宫肌层而形成的疾病叫子宫腺肌症，子宫内膜如果异位到卵巢而形成的囊肿叫卵巢巧克力囊肿，是经期同房或者是各种手术操作术后导致子宫内膜在子宫腔以外地方生长出现子宫内膜异位症的最主要原因。子宫内膜异位症这个病影响生育，这个病的特点就会引起痛经，并且逐渐加重。所以各种手术一定注意操作规范，并且一定注意经期不能同房。
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目前子宫内膜异位症的病因尚未明确，主要是以异位种植学说，以及在位内膜决定论为主导。异位种植学说认为，异位的内膜来源于子宫内膜组织，这些组织可以通过经血逆流、淋巴传播、血管播散，以及医源性种植等途径转移到宫腔以外的部位，并种植和生长。此后，又出现体腔上皮化生学说、诱导学说。我国郎景和教授提出了在位内膜决定论，认为内异症患者在位内膜存在缺陷，这是对传统理论的补充和发展。目前，有关内异症发病机制的学说甚多，但尚无一种可以解释全部子宫内膜异位症发生，因而有可能在不同部位的内异症，有不同的发病机制，各种学说可以互相补充。
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