1、肾囊肿的诊断原则：
一般根据患者有患侧腹或背部胀痛、血尿等症状，并结合B超、CT、囊肿穿刺囊液检查等辅助检查结果，一般可做出诊断。
2、相关检查：
（1）实验室检查：
1）囊壁继发肿瘤时，囊液为血性或暗褐色，脂肪及其他成分明显增高；
2）细胞学检查常查见癌细胞。
3）瘤标CA50水平增高。
4）炎性囊液呈浑浊暗色，脂肪及蛋白质含量中度增加，淀粉酶和LDH显著增高。可有炎性细胞，细菌培养可查见致病细菌。
（2）影像学检查：
1）B超：典型声像图特点是肾实质内或包膜下出现圆形或卵圆形液性无回声区，壁薄而边缘光滑，后方回声增强，很小囊肿也可发现。
2）CT：显像表现为囊肿呈边界锐利的均匀性类圆形低密度，同邻近的肾实质有明显的分界。
3、鉴别诊断：
肾积水、多囊肾、多房性肾囊肿、肾脓肿。
肝囊肿和肾囊肿的区别主要是发病部位不同和症状不同。肝囊肿指发生在肝部的囊性突起，因为先天发育或肝脏处炎症刺激引起的肝囊肿。如果体积比较小，一般没有特殊症状，不需要特殊治疗，如果引起肝区疼痛，可进行超声引导下；肾囊肿是指发生在肾脏处的囊性凸起，症状主要以尿排尿不畅和下肢水肿为主。如果影响到泌尿，需要及时进行手术治疗。囊肿都属于良性病变，不需要有太大心理压力。
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在临床上有一些办法，比如发病年龄、是不是出现在两侧，以及囊肿的个数等等。多囊肾的全称是常染色体显性遗传多囊肾病，它不会隔代遗传，父母中一般有一个是多囊肾病，有家族史的帮助诊断；其次，也有一些多囊肾病，没有明确的家族史，从他这开始发病，这种情况在临床上也是可以见到的。但是多囊肾的囊肿特别多，而且是两侧都有，发病年龄比较年轻，这些是区别于单纯性肾囊肿的。还有也要看一看有没有多囊肝或者多囊的胰腺，如果发现了多囊肝或胰腺的囊肿，有助于诊断多发性肾囊肿，而单纯性肾囊肿只影响肾脏。还有一点，随着病程的延长，单纯性肾囊肿出现肌酐变化（即肾功能变化）是少见的，但多囊肾经常会出现肌酐的升高。
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肾结石和肾囊肿有本质区别，发病原因，治疗方法都是不同的，肾结石是肾脏内出现结石，而肾囊肿是指肾脏出现囊肿。出现肾结石时，要注意多喝水，可以服用排石颗粒，如果结石比较大，必要时还要做手术进行治疗。出现肾脏囊肿，可以直接做手术切除，手术后做病理检查，排除有肾脏恶性变的可能。
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