以局部去除疣体为主，尽可能消除疣体周围亚临床感染和潜伏感染，减少复发。
一般治疗
消除诱因，如包皮过长、阴道炎、包皮龟头炎、淋病等。提高机体免疫力。
药物治疗
a)外用药物治疗：5%咪喹莫特霜、0.5%鬼臼毒素酊等
b)抗病毒和提高免疫功能药物：转移因子、胸腺素或局部外用干扰素等
物理治疗
激光、液氮冷冻、电灼、微波、光动力治疗等。
手术治疗
巨大型尖锐湿疣需手术切除。
尖锐湿疣是因为感染了，人乳头瘤病毒所导致的，也叫病毒疣，尖锐湿疣主要表现为外生殖器的赘生物，表面粗糙。外用的药物可以选择干扰素凝胶，鬼酒毒素，咪喹莫特等等，口服的药物首选，抗病毒药，如果保守治疗效果差的话。也可以选择手术的方法来治疗，常用的治疗方法有液氮冷冻素，二氧化碳激光手术，微波，高频电刀等等，在治疗期间，患者要注意休息，清淡饮食。
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治疗（病毒疣）疣体的方法有很多，具体要看是什么疣，所在的部位、数量和面积的大小，有以下几种方法：直接的冷冻、激光电灼。冷冻一般是用液氮冷冻，如果疣体比较深，则需要多做几次。第二，外用的药物治疗，用于比较浅、比较小的疣体；如果是大的、比较厚的，比较深的疣体，譬如在足底的跖疣位置一般比较深，光外用药治疗效果不太好。第三，服用药物治疗。服用药物会使用异维A酸治疗，但服用药物耗时会比较长，需要2-3个月的时间。还有在服用异维A酸治疗时，需要进行严格的避孕等特殊要求。第四，手术直接切除。对于一些单发的需要做病理，已经明确诊断的病变，需要手术切除和病理诊断。
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