具体的治疗方法还需根据具体真菌感染导致的疾病来制定，以下列举两类：
全身治疗
轻者可口服广谱真菌药氟康唑片、泊沙康唑肠溶片；如有深部真菌病，可用伏立康唑注射液、伊曲康唑注射液。
局部治疗
可外用药物派瑞松软膏、碳酸氢钠注射液（涂口腔真菌用）、酮康唑乳膏等。
龟头真菌感染应该要及时的口服抗真菌的药物进行治疗，例如伊曲康唑或者是氟康唑片。龟头真菌感染，一般情况下是由于包皮过长引起的真菌性感染，应当要及时的采用抗真菌的药物治疗，也可以局部外阴用酮康唑软膏或者是氟康唑软膏。日常生活中应该要做好局部的清洁卫生工作。真菌感染是有一定的传染性，性伴侣也应当要同时接受治疗，这样可以有效的避免反复发作。出现了反复感染的情况，应当要进行包皮环切手术。
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真菌感染常见的方法是口服抗真菌的药物或者是涂药。面积比较大，比较严重，容易反复的建议去吃抗真菌的药物，这个药物有伊曲康唑、特比萘芬，这两个药是常见的，它们用于面积比较大或者比较严重的情况。抗真菌的药物比较多，包括联苯苄唑、特比萘芬、克霉唑等药物，当然也可以口服跟外用联合使用，但是用的时候要够疗程，不是好一点就不用了。另外，还要保持脚的干燥，真菌喜欢在潮湿的地方生长，一定要保持脚的干燥，建议大家鞋子多买几双换着穿，出汗了就换一双，保持脚部干燥。另外，建议要讲卫生，尽可能少用公共的鞋子拖鞋，平时一定要保持脚的干燥，如果有些脚汗很多，可以在鞋子里面撒些抗真菌的粉剂。
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如果男性的生殖器部位出现有真菌感染，导致出现局部有脱皮，蜕皮，瘙痒的症状存在，建议可以去当地的三甲公立医院泌尿外科门诊进行就诊，可以在当地正规医生的指导下来选择做真菌孢子的化验，是可以做出明确的诊断。
如果确定是真菌感染引起的，建议可以选择用抗真菌菌的药物来进行治疗，比如说盐酸特比萘芬片口服进行治疗，而且还需要选择用抗真菌的外用药物进行治疗，比如说达克宁软膏，效果都是比较好的。在治疗期间要定期的去医院复查肝功能，因为口服药物的时候容易出现肝功能的损害，没有完全治疗好之前不能选择同房，容易导致出现交叉感染的现象。
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