1、先天性遗传性
（1）毛根鞘囊肿：属常染色体显性遗传。
（2）多发性脂囊瘤：为常染色体显性遗传。
（3）皮样囊肿：为先天性，生后即有。
（4）支气管源性与甲状腺舌骨导管囊肿：为先天发育不良异常所致。
（5）阴茎中线囊肿：为先天发育异常所致。
（6）发疹性毳毛囊肿：病因不清，有研究认为属常染色体显性遗传。
2、原因不明性
（1）黏液样囊肿。
（2）粟丘疹：原发型粟丘疹与遗传因素有关；继发型粟丘疹与多种皮肤损伤有关，可发生于擦伤、搔抓部位、严重烧伤等外伤，可见于皮肤卟啉症、大疱性表皮松解症、毛囊粘蛋白病、硬化性苔藓等；有的患者继发于放射治疗后、皮肤磨削、化学剥脱、皮肤局部类固醇激素治疗和药物不良反应，如解热镇痛药。
（3）表皮囊肿：原因不明。
皮下囊肿的原因常见的有遗传因素、外伤等，有皮下囊肿家族史者其子女的发病率会高于普通人群。皮下囊肿会表现为隆起于皮肤的肿物，伴有局部皮肤红肿，增长迅速，容易出现皮肤破溃流脓，通过病理检查结合临床症状可以确诊。在治疗上主要是激光和手术治疗为主。
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皮下囊肿比较常见的有皮脂腺囊肿，通常会由于皮脂腺分泌物堵塞，排出不畅通，进而形成了皮下囊肿。表现在皮肤颜色稍深，质地稍硬，表面光滑，用力按压会出现白色的豆渣样的排出物，通常这种情况下大多选择手术治疗，可以进行美容手术，小切口切除，手术后要保持伤口的清洁干燥，定期换药。也有一部分人群选择中医中药的方式来进行治疗。要注意在囊肿形成后不要挤压，否则很容易引起严重的感染情况。
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皮下囊肿是由于表皮进入真皮所形成的一种增生性的囊性的结构，它的形成的最常见的一个因素就是，局部的外伤引起的表皮的植入。这种植入真皮的表皮，也会和我们的皮肤表皮一样的会出现增生，最常见的一个诱发的因素是由于异常的表皮一个植入真皮。
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