治疗原则
临床上衣原体的治疗一般以药物治疗为主，主要是应用一些抗生素来抗感染治疗，常用药物有四环素、红霉素、阿奇霉素、多西环素等。
药物治疗
1、肺炎衣原体感染
（1）首选用四环素，其次可以用红霉素。
（2）也有一部分大环内酯类的抗生素对肺炎衣原体感染的患者比较有效，主要包括阿奇霉素、克拉霉素等。
2、沙眼衣原体的治疗
（1）沙眼和包涵体结膜炎局部用红霉素软膏。
（2）生殖道泌尿道感染口服红霉素或四环素。
（3）对沙眼衣原体感染还可使用阿奇霉素、氧氟沙星、多西环素。
（4）孕妇采用红霉素，不能耐受用阿莫西林。
3、鹦鹉热治疗
（1）首选四环素类抗生素口服。
（2）重症病例可静脉给药，酌情加肾上腺皮质激素。
（3）红霉素、罗红霉素、阿奇霉素、甲红霉素等在临床上的效果也较好。
小孩衣原体感染发烧感冒，可以服用消炎类的抗生素，配合抗感冒的药物进行治疗。也可以让患儿服用清热解毒的药物进行治疗。患者在治疗期间要养成良好的生活作息，注意身体的保暖，避免着凉，尽量多喝水，避免辛辣或生冷等刺激性的食物，可以多吃一些新鲜的水果和蔬菜。
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支原体感染和衣原体感染，要常规口服抗生素治疗方法。抗生素的种类多种多样，具体选择哪种抗生素，建议在医生的指导下进行治疗。因为不仅是选择抗生素的种类，还有选择抗生素治疗的疗程，都是非常关键的，一旦选择不慎就有可能产生耐药。所以，对于抗生素的使用一定要规范和谨慎，不建议自行使用抗生素进行治疗。抗生素现在在正规的药店里面也没有自行购买，都是需要医生专业处方。治疗支原体、衣原体感染的抗生素种类常规有三种：一是四环素类，比如常用的强力霉素，二是大环内酯类，比如常用的阿奇霉素，三是喹诺酮类，比如常用的可乐必妥，也是所说左氧氟沙星，这也是治疗支原体、衣原体常用的药物。至于治疗的疗程，要看支原体感染和衣原体感染的位置。一般尿道感染常规治疗周期2-3周，如果是前列腺感染可能治疗的时间会更长。综上所述，对于支原体、衣原体感染，不建议自己去购买药物进行治疗，建议遵从专业医生的指导意见进行治疗。
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临床根据支原体的培养及药物敏感试验，选择最敏感的抗生素治疗。可用于治疗支原体感染的抗生素包括大环内酯类、喹诺酮类、四环素类及其它一些抗生素。四环素类是治疗人型支原体和解脲支原体的首选药物。沙眼衣原体感染者可以选择四环素类药物治疗，其中多西环素与四环素相比，优点在于每日服药次数减少、耐受性较好、半衰期长，还可以选择大环内酯类和喹诺酮类抗生素。
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