急性肾盂肾炎的主要病因是细菌感染，革兰阴性杆菌为最常见致病菌，其中以大肠埃希菌最为常见。当机体防御功能低下时，通过上行、血行等途径感染的致病菌就会引起炎症反应。尿路梗阻、机体免疫力低下、妊娠等都可能使本病发生风险增加。
感染途径：
1、上行感染：是指病原菌由尿道进入膀胱，上行感染经输尿管到达肾孟引起的感染。
2、血行感染：是指病原菌通过血运到达肾脏引起的感染。
3、直接感染：泌尿系统周围器官、组织发生感染时，病原菌偶可直接侵入到泌尿系统导致感染。
4、淋巴道感染：盆腔和下腹部的器官感染时，病原菌可从淋巴道感染泌尿系统，但罕见。
急性肾盂肾炎的病因包括：一、尿路梗阻，一般尿液会不断地冲洗尿路，尿路中不容易有细菌停留繁殖，并且尿道中白细胞等可以杀菌。但是尿路梗阻以后会引起尿液潴留，尿路中容易滋生细菌，进而引起感染。二、尿道粘膜损伤，尿道管长期保存或者是尿路手术操作不慎，会引起尿道粘膜损伤，容易诱发肾盂肾炎。三、膀胱输尿管反流、前列腺肥大、输尿管开口异位、膀胱肿瘤、脊髓损伤等疾病，都会导致一部分尿液从输尿管反流回肾脏，容易造成肾脏感染引起炎症。平时要注意休息，多饮水，要注意会阴部卫生，不能憋尿。
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急性肾盂肾炎的感染途径主要是尿路的逆行感染，少部分患者病原菌可以来源于血液。急性肾盂肾炎是尿路感染的一种，通常称之为上尿路的感染，下尿路感染一般是指膀胱炎或者尿道炎。两者之间最主要的区别在于：急性肾盂肾炎往往会伴有全身的炎症的表现，比如有发热、腰痛等等。另外，急性肾盂肾炎的发生，多数情况下会有其他的因素所诱发，比如有尿路的结石、尿路的畸形等等。急性肾盂肾炎的感染途径主要是尿路逆行感染，这里所谓的尿路逆行的感染是指细菌从尿道外口进入到尿路，然后一路上行，停留于肾盂或输尿管，引起繁殖，最后引发了炎症。
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急性肾盂肾炎患者同时出现尿频尿血的情况一般多考虑是感染的程度严重，合并为膀胱炎，当然也不排除是肾结石的可能，针对这种情况建议患者引起重视，针对性的口服抗生素类药物预防感染加重，必要时配合医生完善细菌培养，明确具体的菌类，期间保证充足的休息。
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