巧克力囊肿的病因尚未完全明确，可能与以下几个因素有关：
1、经血逆流：月经期间，女性的子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流进入腹腔，随后在卵巢内种植并继续生长、蔓延。
2、淋巴及静脉播散：子宫内膜可能通过淋巴和静脉向远处播散，种植于卵巢。
3、体腔上皮化生：高度化生潜能的体腔上皮可能分化形成卵巢表面的上皮，体腔上皮细胞受到卵巢激素、经血及慢性炎症持续不断的刺激，容易被激活转变为子宫内膜样组织。
4、遗传因素：本病具有家族聚集性，考虑于多基因或多因素遗传有关。
巧克力囊肿大约有5个原因:1个浆膜上皮，化生内膜，2个血淋巴，良性转移，3个妇科手术，4个月经血液回流，5个内膜植入，以及不注意月经卫生。如果仍有生育要求，通常使用药物。如果你年龄较大并且没有生育要求，子宫、卵巢和输卵管中的一个或两个都可以切除。如果囊肿已经很严重或很大，建议保守手术。它可以保持卵巢的正常和生殖功能，但它可能会复发。
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巧克力囊肿主要是由于子宫内膜异位症引起的。巧克力囊肿会随着月经周期的到来，出现增大的现象，同时还会伴有比较严重的痛经症状。巧克力囊肿发生在卵巢或者盆腔。剖腹产女性也可能会出现在刀口部位。确定巧克力囊肿的部位以后，可以根据囊肿的大小进行观察，或者手术处理。囊肿不超过五厘米不用治疗。超过五厘米考虑手术。需要注意的是，巧克力囊肿期间，如果出现剧烈下腹部疼痛、出血等症状时，则考虑囊肿破裂，需及时到医院就诊。
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卵巢囊肿巧克力囊肿其实是子宫内膜异位症非常常见的一种类型，就像我刚才给大家介绍的，子宫内膜异位症最常发生的地方就是我们的盆腔。而在盆腔里面卵巢又是子宫内膜异位症最常发生的器官之一，我们这些有活性的子宫内膜他异位种植生长到卵巢组织上，这些有活性的子宫内膜它会随着月经周期而发生周期性的出血，一次又一次的出血，就会导致大量的陈旧性的血液聚集在卵巢的囊肿里面。这些陈旧性的血液看起来像什么样子，非常非常像我们融化的巧克力液又粘稠，颜色也是咖啡色的。因此，我们就把卵巢的子宫内膜异位囊肿非常形象的给它取了一个名字，叫做卵巢的巧克力囊肿。如果有机会我可以给大家看一些手术图片，真的是跟我们巧克力液一模一样。
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