治疗原则
诊断明确后，主要的治疗方法为手术治疗。无症状的小囊肿可以观察暂不处理。治疗原则是建立囊肿与鼻腔永久性通路，以利引流防止复发。
药物治疗
若合并感染，应使用足量广谱抗生素进行抗感染治疗，常用药物有头孢拉定、青霉素等。
手术治疗
1、囊肿全切除或部分切除术
建立受累鼻窦或囊肿腔与鼻腔之间永久、宽敞的引流通道。传统的方法为采取鼻外或鼻内进路，目前常规采用经鼻内镜手术。
2、上颌窦根治术式
含牙囊肿需将囊肿和病牙完全切除，保留上颌窦正常黏膜；牙根囊肿取上颌窦根治术式切除囊肿，若病牙尚稳固，有保留可能，则行根尖切除或根管治疗以避免囊肿再发，否则应同时拔除病牙。
鼻窦囊肿不一定要手术，如果是粘液囊肿、或者是含牙囊肿，需要去除病牙，做手术切除。如果是粘膜囊肿一般不须手术，如反复发作和症状明显，则需要手术治疗。鼻窦囊肿手术前后要控制感染，主要是口服或者是输注抗生素，常用的药物是头孢类抗生素、阿奇霉素等。
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鼻窦囊肿不一定要手术。鼻窦囊肿是一种良性的病变，相当于鼻窦长了个囊肿，英文叫做cyst的囊肿，就是个囊性的病变。囊性病变是一种没有实性的成分在里面的，就是可以是空腔样的病变。空腔样病变相当于长了个空腔，外层包膜，里面都是空的，没有什么东西，但就是叫囊肿。如果鼻腔长了囊肿，还是比较常见的。遇到这种情况主要还是根据病人的治疗意愿。如果想把手术切除，是可以做手术的。还有一部分治疗意愿不是很强，可以观察。观察的目的是看一下鼻腔囊肿会不会变大，会不会改变或者有没有破裂的可能性。在这种情况下，对于鼻腔囊肿，主张还是以观察为主，不需要做过多的干预。
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鼻窦囊肿手术可以做微创手术，主要是通过鼻内窥镜，在显示屏直观的观察鼻窦囊肿的情况，用吸引器将囊肿吸除，另外，将囊壁刮除。如果窦口相对空间较小，要先将鼻窦的窦口开放，以便于清除囊肿。当然，也存在少数囊肿较大或位置较为隐蔽，不适合鼻内窥镜手术时，这种情况就需要配合唇龈沟或面部切口同时进行。相对来说，鼻窦囊肿对周围组织破坏较小，手术创面也相对较小，但鼻窦囊肿术后比较容易复发，需定期复查，以及定期进行鼻内窥镜下换药处理，做到预防复发。
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