基本病因：胚胎发育过程中，生殖结节腹侧纵行的尿生殖沟自后向前闭合过程停止所致。
诱发因素：家族遗传史、母亲超龄或超重生产、母亲孕期使用或接触激素或其他对胎儿有影响的药物、早产、新生儿体重过低等。
儿童出现尿道下裂，与基因遗传、环境、内分泌因素等有关。儿童尿道下裂是一种先天性生殖系统畸形疾病，与遗传基因有关。家族中某男人出现过尿道下裂病例，下一代人患尿道下裂机率会很高。另外，也有可能在胚胎发育中，雌激素分泌不足原因造成；也有可能孕妇长时间处在高污染、高放射区域，或接触了某种化学物质等，都可以导致这种疾病的出现。
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尿道下裂手术之后出现尿道狭窄现象，多数是在做完手术以后局部疤痕增生造成的。如果出现了明显的排尿困难现象，需要的时候需要去医院进行尿道扩张手术进行改善。在做完手术之后需要保证营养均衡摄入，多吃富含优质蛋白质和维生素含量比较高的食物，加快胃肠道蠕动。
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引起尿道下裂的原因目前也不是十分的清楚，就是说很多原因还是不清楚，有的人说是与激素水平有关系，比如说雄激素不足，雌性激素增加，与激素有一定的关系。还有是遗传，遗传就是有家族史，特别是像表兄弟，近亲之间往往有家族史的表现，也有一定的关系，可能是与基因的缺陷水平有一定的关系。还有就是环境的因素，环境因素现在环境的污染，工业化学的制品越来越多，特别是工业发达的城市，或者是环境污染比较大的城市，尿道下裂的发生率要明显的高。
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