根据患者症状、查体，以及指检、实验室检查、影像学检查等可明确诊断，诊治需寻找内口位置。
症状
有外口，间歇性或持续性有分泌物流出，呈脓性、带血、黏液样。
体格检查
在肛周皮肤可见单个或多个外口，呈乳头状突起或为肉芽组织隆起，按压外口可溢出少量分泌物，有助于初步判断瘘管的形态、肛瘘的复杂程度。
肛门指检
肛内可触及伴压痛的硬结状内口，或触及条索样瘘管。
实验室检查
血常规可了解有无并发急性感染。
判断内口位置
可通过古得索尔（Goodsall）规律、亚甲蓝溶液染色、碘油瘘管造影、肛门镜下探查瘘管、磁共振成像（MRI）等方法确定内口位置。
按瘘管位置的高低可分为：低位肛瘘、高位肛瘘。
按瘘管与括约肌的关系可分为：肛管括约肌间型，约占肛瘘70%；经肛管括约肌型；肛管括约肌上型；肛管括约肌外型，此型最少见。
按肛瘘复杂程度可分为：
1.单纯性肛瘘：只有一个外口、一条瘘管、一个内口。若只有一个外口及瘘管，称为单口外瘘；若只有一个内口与瘘管，称为单口内瘘。
2.复杂性肛瘘：在肛门内外有3个或以上的开口，或2条以上的瘘管。
如果肛瘘手术后出现了复发，可能会出现肛门处鼓胀样的疼痛，然后还会出现溃破的情况。出现了肛瘘主要治疗的方法，还是需要通过手术的方法进行治疗。
肛瘘在手术之后也还是具有一定复发的情况，所以在手术之后一定要注意，保持规律的生活习惯、饮食习惯、还有作息时间。另外，也一定要不吃辣、不熬夜、少吃油炸的食品。保持规律作息时间的同时，也要注意调整情绪，不要有压力，避免出现压力过大的情况。
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肛瘘和痔疮是两个病，不能拿在一起进行比较。痔疮有痔疮严重的情情况，分为4度。Ⅰ度是没有凸出，Ⅱ度凸出可以自行回纳，Ⅲ度是要用手法回纳，Ⅳ度是根本无法回纳。肛瘘也有轻的也有重的。简单的低位肛瘘，离肛门是比较近的。如果是高位的复杂性的肛瘘，是经过外括约肌进入到齿状线的。高位的复杂性的肛瘘，治疗也是相对复杂的，有时候要分次手术，而且相对复发率也高。
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