1、手术治疗
成熟（良性）卵巢畸胎瘤，可选择行患侧附件切除术或肿瘤剥除术。
未成熟（恶性）卵巢畸胎瘤，若卵巢和子宫未受肿瘤累及，可选择行保留生育功能的手术，即仅切除患侧附件，同时行全面分期探查术。
睾丸畸胎瘤，首先考虑手术切除睾丸。
2、放化疗
未成熟（恶性）畸胎瘤对化疗较敏感，术后应尽早开始化疗，常用的化疗药物包括依托泊苷、顺铂、博来霉素等。
畸胎瘤大部分为良性病变，少数为恶性病变的情况。良性病变的畸胎瘤可以通过彩超及CT检查发现畸胎瘤内存在头发、牙齿等成分。一般来说检查发现畸胎瘤时，则是建议手术切除，术后病理证实疾病的性质。良性病变的畸胎瘤手术后不需要任何的治疗，而恶性畸胎瘤手术后，需要再次扩大手术治疗及术后的化疗治疗，对于恶性畸胎瘤常规术后需要化疗6个疗程。
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畸胎瘤复发的处理与部位密切相关，比较常见的有卵巢畸胎瘤，出现复发可再次手术治疗，切除患侧卵巢及输卵管。
畸胎瘤大部分为良性病变，极少数为恶性，术后再次行病理检查明确其性质，如确诊为良性，术后不需要治疗。
如为恶性，术后需要辅助化疗六个周期，化疗后还需要定期复查CA125、AFP等肿瘤标志物，如果出现异常升高需要警惕是否再次出现复发及转移。
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卵巢畸胎瘤绝大多数属于良性肿瘤，所以首选微创手术，也就是经腹腔镜手术。畸胎瘤好发于年轻女性，甚至是青少年女孩子，所以多选择保留卵巢的畸胎瘤剔除术。对于以下几种情况可以考虑切除卵巢，一种是绝经后的女性或者围绝经期的女性，另外一种是畸胎瘤扭转合并卵巢坏死，或者是怀疑畸胎瘤恶性变的，需要切除卵巢。如果是良性畸胎瘤，术后复发几率非常低，大约2%左右，而且复发时间间隔超过十年以上，多见于多囊性或者是双侧病变的患者。如果是恶性的畸胎瘤，术后复发几率大于50%以上。良恶性的判断是需要切除之后，送病理检查才能够明确。
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