肛管癌的发病因素并不清楚，可能与感染、免疫功能低下、肛门周围的慢性疾病、局部刺激和损伤等有关，其中HPV的感染是肛管癌最重要的发病因素。
1、感染
HPV的感染是肛管癌最重要的发病因素。在HPV的众多亚型中，HPV216与肛管癌的关系最为密切。在肛管的鳞癌中HPV216的阳性率有文献报道可以达到56%，应用分子技术，相当多的肛管癌可以检测到HPV的DNA。
2、免疫功能低下
患者的免疫功能与肛管癌有明显的相关性，艾滋病（AIDS）患者的肛管癌发病率明显增加。患者危险度的增加一般认为可能是因为患者免疫功能低下，在这种情况下增加了HPV的易感性；同样，在进行肾移植的患者罹患肛管癌的危险明显增加，是普通人群的100倍。此外放射治疗是肛管癌的危险因素，可能是因为机体的免疫系统受到抑制的缘故。
3、肛门周围的慢性疾病、局部刺激和损伤
肛瘘及其他疾病人群中肛管癌的危险度较普通人群明显增加。
肛管癌属于临床常见的肛周肿瘤，鉴于发生这种疾病以后及时来医院进行电子结肠镜检查，与肛门指检明确诊断。平时要养成良好生活习惯不要吃辛辣刺激油腻食物，多吃新鲜蔬菜与水果，如果明确诊断以后最好进行手术切除。配合物理理疗或者是放疗、化疗、中草药治疗，平时心态要放平和积极配合医生治疗，良好的心态可以延长患者生命时间和生存质量。
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肛管癌具体的发病原因和机制不是很明确，一般和病毒感染，炎症刺激有很大的关系，主要是指齿状线以下肛管以及皮肤的癌变。可以引起肛门坠胀不适，大便次数增多，便血和肛门部位的肿块等症状，明确以后及时规范的治疗尤为关键，首先的治疗是手术，术后要配合放疗，化疗，中药等治疗措施。
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