年轻患者出现镜下血尿和（或）蛋白尿，尤其是与上呼吸道感染有关的血尿，临床上应考虑IgA肾病的可能。结合超声等辅助检查，即可明确诊断。其中，肾活检免疫病理检查是诊断本病的“金标准”。
在诊断过程中，需与急性链球菌感染后肾炎、薄基底膜肾病、非IgA系膜增生性肾炎、紫癜性肾炎等疾病相鉴别。
根据WHO组织学分类：
Ⅰ级（微小病变）：光镜下肾小球正常，极少部分区域有轻度系膜区增宽，伴或不伴系膜细胞增多。
Ⅱ级（轻度病变）：50%以上肾小球正常，少部分肾小球可见系膜细胞增多、肾小球硬化、粘连等改变，新月体罕见。
Ⅲ级（局灶节段性硬化性肾小球肾炎）：系膜细胞弥漫增生，系膜区增宽，病变呈局灶节段性改变，偶尔可见粘连及新月体。间质病变较轻，仅表现为间质水肿，灶性炎症细胞浸润。
Ⅳ级（弥漫系膜增生性肾炎）：几乎所有的肾小球都可以见到系膜细胞呈弥漫性增生性改变，系膜区明显增宽，肾小球硬化，常见到废弃的肾小
IgA肾病是一种原发性肾小球疾病。诊断标准是依靠肾穿刺活检病理，表现为免疫球蛋白IgA以及补体C3成团块状在肾小球系膜区沉积。有镜下血尿或者是肉眼血尿以及蛋白尿。血中检测IgA水平升高，尿液检查发现变形红细胞。治疗方案分为免疫抑制治疗和非免疫抑制治疗。治疗目标多为控制尿蛋白水平，保护肾脏功能、延缓肾病的发展过程。药物方面免疫抑制治疗中有激素以及免疫抑制剂。非免疫抑制治疗方面有贝那普利，羟氯喹，螺内酯，骨化三醇等。
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Lee氏三级跟刚才我提到的，这三种病理分型的方法的有关。我们有Lee氏分级，汉室的分型以及牛津的分型，分型和分级的是不同的。如果分型是指的各个病理类型之间不同特点，但他并没有哪级比哪级更重的意思，但分级有这个意思，所以Lee氏三级是中等强度。因为之后还有Lee氏的四级和李氏的五级，之前还有Lee氏的一级和二级，Lee氏三级。我们把它定义为局灶阶段的病变，就是说病变的还没有达到50%以上。所以还处于一个中等强度的病理改变。所以并不严重，通过合理的治疗，有可能使病情缓解或说长期稳定的，就像刚才我提到的与病理类型的相关的。对于疾病预测有意义的，可能的尿蛋白定量的水平，发病时血肌酐的水平，以及是否伴有高血压，都是影响疾病走势的危险因素，病理类型只是其中一个，因此也不要单纯的看病理类型。
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