引起唇颚裂的原因尚不明确，大多数学者认为唇颚裂的发生是遗传因素和环境因素的共同作用的结果，若家族中有唇颚裂病史，胎儿出现唇颚裂的几率可上升，此外人种以及母亲孕期发生各种不良事件，如吸烟、喝酒、感染等也会增加胎儿出现唇颚裂的几率。
唇腭裂多数是在怀孕期间形成的。唇腭裂可能是目前患有糖尿病的原因，也有可能是在怀孕期间经常饮酒或者是抽烟的原因，可能会导致出现有咀嚼或者是吸吮障碍的现象，需要到正规医院的口腔科，通过影像学检查诊断。如果比较严重，最好是通过唇裂修复手术的方法治疗。
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先天性唇腭裂有些会遗传下一代。唇腭裂再发风险，即是不是有可能遗传到下一代，取决于是否合并其他结构畸形或综合征。如果是VanDerWoude综合征，其特征是家族性下唇瘘符合唇裂或腭裂，这时候患者通常智力都是正常的，可以伴有缺牙，再发风险就是50%。如果女方或者男方为唇腭裂，怀孕的第一胎是唇腭裂，风险为4%。如果已经生育过患儿，再发风险就是12%。如果已经生过两个唇腭裂的患儿，则再发风险为25%。如果是生育过正常的孩子，以及一个唇腭裂的患儿，再发风险为10%。所以这类人群建议先行基因芯片或者全外显子测序检测，来排除遗传性疾病，从而评估她再生下一胎为唇腭裂的再发风险。
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唇腭裂高跟是否是男孩是没有关系的。这种情况的发生，首先是遗传因素引起的，孩子的直系亲属，又或者是旁系亲属有可能存在类似畸形，约摸20%患儿存在遗传史。其次，有可能跟感染以及损伤因素有关系，如果女性在怀孕初期曾经感染病毒，有可能会导致唇腭裂的发生。再者，如果孕妇存在贫血以及糖尿病，又或者是严重营养障碍，也是病因。最后，孕妇服用镇静药以及抗癫痫药等等也是诱因。
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