根据患者病史、症状，辅以肛门指检和肛门镜检查可明确诊断。
1、病史：患者可有既往肛周疾病史、炎性疾病史或存在长期便秘等诱因。
2、症状：肛门疼痛、瘙痒、潮湿、排便不尽感、大便出血、坐立难安。
3、肛门指诊：可触及肛门内的硬结、隆起等，可伴压痛或触痛，指套上多不带血。
4、肛门镜检查：镜下可见呈乳头状突出的小的肛乳头或肥大肛乳头，如黄豆大小，质地偏硬，呈黄白色或灰白色。
根据发病的数量分为：单发肛乳头瘤、多发肛乳头瘤。
肛乳头瘤确诊前需要做肛门镜检查，若进行肛门指检，较小的活性硬结在炎症的刺激下，通常摸不出来，肛门镜检查，可以有效的判断肛乳头瘤的大小、长短与方位，甚至严重程度，均可有效确诊。日常观察自身肛门与排便情况，若大便带血或肛门肿大，甚至排便时有肿物脱出肛外，不能自主还纳时，都应及时就诊。其手术方式可选择混合痔切除手术，或肛乳头瘤切除术，术后及时做好伤口的消毒与护理，避免复发。
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肛乳头瘤恶变的可能性居多，痔疮恶变的几率较小，而且发病原理和发病机制也不同，有些疾病虽然表现症状相同，但是差异还是非常大的，如果发现自身身体不适应该及时就医，由专业的医生进行病情分析，明确诊断和对症治疗是非常必要的，日常饮食得当，作息规律，加强运动锻炼更加有利于身体健康。
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肛肠科的两个检查，肛门指检和肛门镜检查，对于肛乳头瘤的确诊和指导治疗就已经足够。因为肛乳头瘤一般的时候是没有症状的，有一半的人都会有肛乳头，只是大小不一样，平时也没有症状。我们在指检的时候，如果小的也摸不出来。如果有炎症刺激的时候，肛乳头瘤强化明显的可能摸的出来。如果是比较大了，会脱出来了，也摸得出来。肛门镜检查可以看到肛乳头瘤的方位、大小、长短。通过这两项检查，可以确诊肛乳头瘤，并且指导剔除。
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