1、一般治疗：温水坐浴；注意肛周的清洁卫生；增加高纤维食物的摄入，避免进食辛辣刺激、油腻的食物；定时排便。
2、药物治疗：使用抗菌药物如喹诺酮类，局部盐水灌洗清洁等。
3、手术治疗：肛乳头瘤结扎切除术、肛乳头瘤切除缝合术、肛乳头瘤电灼术等。
4、中医治疗：湿热下注型——龙胆泻肝汤内服加熏洗剂坐浴；气滞血瘀型——复元活血汤内服加止痛散外敷。
肛乳头瘤治疗的方法主要有保守治疗和手术治疗。肛乳头瘤的形成是由于炎性感染导致的，比较小的肛乳头瘤，可以通过药物保守治疗，表面涂抹消炎的药膏，肛内塞消炎栓，可以促进炎症吸收，炎症得到缓解，可以促进肛乳头瘤逐渐变小。如果比较大的肛乳头瘤，甚至脱出了肛门外，通过药物治疗效果一般不好，可以通过做手术切除，术后要做好伤口局部的消毒和换药，促进伤口愈合。
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建议患者可以选择外科手术的方式进行治疗，将乳头瘤切除起到根治的效果，并且在术后患者还应该服用抗菌消炎的药物，防止发生感染，搭配促进粘膜修复的药物，能够利于伤口快速的愈合，平时还需要注意个人肛门的卫生清洁，不能过度的沾水，并且需要定期的换药。
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肛乳头瘤是长在肛管直肠交界的位置，是长条形柱状，甚至是棒槌状，它蒂部是比较小的，所以在手术的时候往往不用住院。如果是单纯且切肛乳头瘤在门诊就可以，甚至局麻下直接蒂部不切掉。如果是比较大，连着痔疮在一起，要分到痔疮再扎掉，这时候如果是病人有条件做个无痛麻醉，也可以不住院。但如果痔疮很大，一圈都脱出来，需要做PPH做腰麻，这时候最好就要住院，因为腰麻需要平躺六小时以上，门诊不方便。三甲医院现在倡导，要做日间手术，多做日间手术，日间手术也纳入社保，这种情况下也可以做日间手术，还可以打腰麻，有地方给你躺六个小时以上，然后再回去这也是可以的。
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