根据患者的病史、典型症状，并结合内镜检查、幽门螺杆菌检测、血液检查、腹部超声、腹部CT等相关检查一般不难诊断。其中，内镜检查是诊断功能性消化不良前用来排出器质性疾病的主要方法，通常在内镜下无明显异常才可诊断功能性消化不良。
1、器质性消化不良：经检查后能发现相关病因，如消化性溃疡、糖尿病、恶性肿瘤等。
2、功能性消化不良：内镜等检查无明显异常，器质性、系统性等疾病难以解释这一症状，一般有两个亚型，即餐后不适综合征（PDS）、上腹痛综合征（EPS）。
消化不良和腹泻的区别大多数是，消化不良大多数是肠胃受到食物或者是病变后引起的一种不良表现，会伴随着恶心呕吐和胃部胀痛，但是腹泻是属于消化不良出现之后的一种症状。如果出现了腹泻可以及时到医院做肠胃镜检查，明确具体原因是消化不良引起的，可以在医生指导下服用益生菌或者妈咪爱等药物治疗。
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消化不良出现有拉稀的情况和着凉拉稀症状表现上并没有什么区别性的，并不能单纯的通过症状来进行明确。可以进行大便常规的化验检查来进行明确。消化不良的患者，通常大便中会有明显的脂肪粒的情况发生。主要就是调整好饮食的种类，不要暴饮暴食，不要吃太硬的食物，可以适当地应用益生菌等进行治疗。如果是着凉导致的拉稀，主要就是注意肚子的保暖，合理应用止泻的药物。
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宝宝积食是消化不良，两者之间，并没有什么明显的区别。
积食主要是一种表现，消化不良，主要是一种具体的原因。
平时如果暴饮暴食或者是经常吃一些油炸的食品，或者是刺激性的食品就容易引起消化不良，导致患者出现有积食的表现。
改变不良的饮食习惯、保证良好的情绪，适当应用一些健胃消食的药物，就会减少积食情况的发生。
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消化不良和脾虚便溏是中西医两个不同的概念，但是在临床症状上多有相似之处。中医认为脾是人体的后天之本，气血生化之源主运化。第一个是作用是运化水谷，所谓水谷就是日常生活中所进食的各种食物。第二个作用是运化水湿，也就是通过进食或者饮水，或者体内代谢所产生的一些水分，而脾虚便溏即脾的运化功能失常，导致的大便异常是指大便不成形，泻下不消化物。消化不良是西医的病名，它是胃动力障碍所引起的疾病，患者最常见的症状是上腹痛。上腹部痛没有明显的规律，在部分患者上腹痛与进食有关，一般表现为饱痛、进食后缓解，或表现为餐后0.5-3.0小时之间持续的存在早饱、腹胀、嗳气是常见的症状。也可以单独或以一组出现，伴有或不伴有腹痛。
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